菜籽粕富含蛋白质、维生素、胆碱和生物素，是一种极具开发潜力的蛋白质饲料原料。但菜籽粕中含有硫苷等有毒有害物质严重影响适口性及营养物质吸收。利用微生物发酵可有效降低菜籽粕抗营养因子并提高其营养价值。具体正面积极效果如下：

　　（1）微生物发酵去除菜籽粕抗营养因子

　　微生物发酵可有效消除菜籽粕中的有毒有害硫代及其代谢产物（异硫氰酸酯、噁唑烷硫酮、硫氰酸酯和腈类等）、芥子碱、植酸和单宁等多种抗营养因子。不同发酵工艺的发酵效果不同，多种混合菌种发酵效果普遍优于单一菌种发酵效果。微生物发酵法与物理法和化学法相比，具有不破坏或不降低菜籽粕本身的营养价值和无化工品残留的优点。微生物可直接利用硫甙为碳源进行生长，微生物代谢过程中产生的葡萄糖苷酶等还可水解硫甙生成易挥发的异硫氰酸盐等物质，降低其对动物黏膜、肺、肾及甲状腺的损伤，同时对芥子碱和单宁也有分解作用，有效改善菜籽粕的苦涩味。随着双低油菜籽（低硫甙、低芥酸）的种植和推广，菜籽粕的主要抗营养因子含量也会进一步降低。不同于棉籽粕开发的工艺多样性，微生物发酵是除生物育种之外改善油菜籽粕质量的唯一选择不可小觑。

　　（2）微生物发酵提高菜籽粕营养价值

　　微生物发酵能降解菜籽粕中的蛋白质、多糖和脂肪，生成易被肠道吸收的小肽和有机酸等小分子物质，在发酵过程中，有益微生物能利用低聚木糖等小分子物质合成蛋白质，提高发酵菜籽粕蛋白质含量。与未发酵菜籽粕相比，粗蛋白质、粗脂肪、酸溶性蛋白和水溶性蛋白等含量提高，而粗纤维、酸性洗涤纤维、中性洗涤纤维等含量均有不同程度下降。