蛋白质饲料原料主要为肉鸭饲料配制中蛋白质特别是氨基酸的主要来源。肉鸭常用的非常规蛋白质饲料原料主要来源于油料作物榨油后副产物以及玉米加工副产物，其中主要包括双低菜籽粕、棉籽粕、亚麻籽粕、棕榈粕、芝麻粕、脱酚棉籽蛋白、葵花籽仁粕、椰子粕、玉米DDGS、玉米胚芽粕等。与豆粕相比，非常规蛋白质饲料粗蛋白质含量低、赖氨酸、蛋氨酸等必需氨基酸含量偏低，粗纤维含量高，饲料有效能低、氨基酸消化率降低等特点。在肉鸭饲料配制中，大量使用非常规蛋白质饲料原料应注意饲料中总氨基酸水平特别是可消化氨基酸水平将会出现较大程度降低，应及时补充相应的合成氨基酸以满足肉鸭对氨基酸的需要。同时，可在饲料中适当补充蛋白酶或相关复合酶制剂产品以提高肉鸭对非常规饲料原料的氨基酸消化率。另一方面，非常规蛋白质饲料往往含有对肉鸭生长发育有负面影响的抗营养因子或有毒有害物质。如菜籽粕中含有异硫氰酸酯和噁唑烷硫酮，棉籽粕中含有游离棉酚，亚麻籽粕中含有氢氰酸。非常规蛋白质饲料原料在配合饲料中用量过高时其中富含的抗营养因子往往会抑制肉鸭生长，导致肝脏损伤，同时，部分有毒有害物质往往会在肉鸭肝脏、肾脏、心脏等内脏以及胸肌、腿肌等组织中沉积。因此，非常规蛋白质饲料原料在使用过程中，应密切关注其中抗营养因子和有毒有害物质的含量水平，尽量选择抗营养因子含量低的非常规蛋白质饲料原料，如双低菜籽粕、低棉酚棉籽粕等，同时，非常规蛋白质饲料原料的用量不应超过该原料最高推荐用量。此外，多种非常规蛋白质饲料原料的搭配使用不仅可实现各种原料间氨基酸含量及组成差异的互补，也可极大降低某一特定抗营养因子的水平，减少有毒有害物质在对肉鸭生长的危害。