与第一次普查相比，第二次普查的范围更广，覆盖所有省份；调查的畜种更全，不仅包括猪、牛、羊、家禽等生产中使用的主要品种，还包括骆驼、兔、鸽等特色品种，不仅包括古老品种，还包括新类群和新遗传资源；同时对中国斗鸡、太湖猪、黄淮海黑猪等品种进行了科学拆分。第二次全国性资源普查确定的畜禽遗传资源数量比第一次多465个。